Al final de la primera pel·lícula, Macusa (Congrés Màgic dels Estats Units d'Amèrica), capturava al poderós mag, el tenebrós Gellert Grindelwald (Johnny Depp), amb ajuda de Newt Scamander (Eddie Redmayne). Però, complint la seva amenaça, Grindelwald va escapar de la custòdia i s'ha dedicat a reunir seguidors, la majoria dels quals desconeixen la seva veritable agenda: formar bruixots de pura sang que governin sobre tots els éssers no màgics.

Per tal de frustrar els plans de Grindelwald, Albus Dumbledore (Jude Law) recluta al seu antic alumne Newt Scamander, que accedeix a ajudar, sense adonar-se dels perills que l'esperen. Les trames es van desvetllant mentre es posa a prova l'amor i la lleialtat, fins i tot entre els veritables amics i familiars, en un món màgic cada vegada més dividit.